neuralib.atlas.cellatlas
CellAtlas Dataframe
cell atlas about cell types and volume information for each brain area
Example of loading the dataframe
from neuralib.atlas.cellatlas import CellAtlas
catlas = CellAtlas.load_from_csv()
print(catlas.dataframe)
output:
┌────────────────────────────────┬────────────────┬───────────┐
│ Brain region ┆ Volumes [mm^3] ┆ n_neurons │
│ --- ┆ --- ┆ --- │
│ str ┆ f64 ┆ i64 │
╞════════════════════════════════╪════════════════╪═══════════╡
│ Abducens nucleus ┆ 0.015281 ┆ 1324 │
│ Accessory facial motor nucleus ┆ 0.013453 ┆ 497 │
│ Accessory olfactory bulb ┆ 0.6880625 ┆ 189608 │
│ … ┆ … ┆ … │
│ Zona incerta ┆ 2.157641 ┆ 136765 │
│ posteromedial visual area ┆ 1.2225625 ┆ 197643 │
└────────────────────────────────┴────────────────┴───────────┘
Example of loading the sync dataframe between cellatlas/allen brain acronym
from neuralib.atlas.cellatlas import CellAtlas
print(catlas.load_sync_allen_structure_tree())
output:
┌────────────────────────────────┬────────────────┬───────────┬─────────┐
│ name ┆ Volumes [mm^3] ┆ n_neurons ┆ acronym │
│ --- ┆ --- ┆ --- ┆ --- │
│ str ┆ f64 ┆ i64 ┆ str │
╞════════════════════════════════╪════════════════╪═══════════╪═════════╡
│ Abducens nucleus ┆ 0.015281 ┆ 1324 ┆ VI │
│ Agranular insular area ┆ 4.901734 ┆ 242362 ┆ AI │
│ … ┆ … ┆ … ┆ … │
│ Visual areas ┆ 12.957203 ┆ 1297194 ┆ VIS │
│ Zona incerta ┆ 2.157641 ┆ 136765 ┆ ZI │
│ posteromedial visual area ┆ 1.2225625 ┆ 197643 ┆ VISpm │
└────────────────────────────────┴────────────────┴───────────┴─────────┘
Modules: